Mikaelikyrkans missionsförsamling har sina rötter i 1800-talets väckelse. Församlingen bildades som missionsförening 1880, och 1883 invigdes missionshuset i Årstadal. 1950 lämnades detta missionshus och en ny kyrka med ungdomslokaler och bostadslägenheter invigdes vid Majstångsvägen/Vårgatan i Midsommarkransen. 

1967 invigdes den första delen av Mikaelikyrkan, ungdomslokaler och provisorisk kyrksal i butikslängan över tunnelbanan, ritad av arkitekt Axel Grönwall. Även klockstapeln ingick i denna etapp. Den har tre klockor, tillverkade av Bergholtz klockgjuteri i Sigtuna. På var och en av klockorna finns en kort inskription. 

Storklockan manar: Tacken Herren, ty han är god. 
Mellanklockan inbjuder: Kommen till mig, I alle som arbeten och ären betungade. 
Lillklockan uppmanar: Tjänen Herren med glädje. 
De tre klockorna är stämda i en s.k. terskvart: c-diss-f från storklockan till lillklockan räknat. 

Med sin text och ton bildar klockorna en treklang som vill påminna om grunden för församlingens tro, liv och gärning. 

Själva kyrkbyggnaden i rött tegel, ritad av arkitekt Ingemar Hultman, invigdes 1972. För den konstnärliga utsmyckningen och gestaltningen samarbetade arkitekten med konstnären Fritz Sjöström. 

I mitten av 1990-talet tillkom en ny församlingssal mellan kyrksalen och köket.